Creemos que Bolívar por su parte, no debió quedar satisfecho de sí mismo: el Protector lo había vencido moralmente con su abnegación, y su silencio mismo constituye el mayor elogio que podía hacer a su elevación de sentimientos. Es posible que San Martín se llevase a la tumba alguno de los secretos de la entrevista, respecto de los planes ambiciosos de Bolívar, entonces en germen, que hoy no son un misterio para nadie, pues él mismo se ha encargado de revelarlos al mundo con sus hechos y sus escritos. Todo induce, empero, a pensar, que las revelaciones anunciadas, se limitaban a la famosa carta que dirigió al Libertador después de la conferencia, que puede considerarse como el protocolo consentido de ella, y que entonces no era conocida ni sospechada siquiera. Si algún rasgo de detalle se ha perdido, la historia no necesita de él, porque posee los suficientes documentos para juzgar a ambos en el momento de prueba en que sus caracteres se contrastaron por la piedra de toque del mando supremo en el apogeo de su grandeza.
«El enemigo, después de haber marchado a Quito y reposado sus tropas, ha concentrado sus fuerzas en Río Bamba y, según avisos fidedignos, iba a moverse sobre esta provincia el 17 del actual con un cuerpo de dos mil hombres; de manera que el 24 deberá ocupar este punto que no es susceptible de la menor defensa con las fuerzas que tengo. Aunque restablecida en cierto modo la moral, no se han aumentado los cuerpos de línea, sino tan miserablemente que, de una población de 70.000 habitantes apenas ha dado 200 reclutas (…) Las tropas de Colombia no aparecen, y acercándose ya el enemigo a tiempo que hemos sabido la casi disolución del ejército del General La Serna, que quita hasta las sombras de temores por la suerte del Perú he creído un deber reiterar mis reclamos a V. E. por algún batallón que ponga a cubierto la Provincia».
«San Martín estaba muy lejos de presumir que el Dictador militar de Colombia prohijaba ya la mira secreta de despojarlo violentamente de la provincia de Guayaquil y de ajar su dignidad así que se le franqueara el camino del Sur y que se le facilitaran sus operaciones con el auxilio mismo de la división peruano-argentina que le dio los triunfos de Río Bamba y de Pichincha».
«El estado de inmoralidad o casi abierta sublevación del batallón Numancia y la negociación de auxilios pedida por Sucre no era sólo lo que ocupaba la atención del gobierno del Perú en sus relaciones con Colombia, porque al fin de estos no eran de carácter perdurable; había que determinar la suerte futura de la rica provincia de Guayaquil. Cuando ésta proclamó su independencia se declaró provincia libre, pero no era posible que subsistiera aisladamente un departamento tan pequeño en medio de Repúblicas distintas, sin ocasionar futuras y graves cuestiones».
La ciudad de Guayaquil tenía estrechos vínculos con Lima, toda su juventud se educaba en estos colegios, la mayor parte de sus productos se consumían en el Perú. Finalmente Guayaquil, durante el tiempo del coloniaje, pertenecía en lo político al Virreynato del Perú y no había duda que los intereses materiales, políticos y las afecciones del corazón estaban a favor del Perú; el mismo bello sexo, que ostentaba su hermosura en la ciudad de los Reyes, tenía en menos pertenecer a Colombia, subordinándose a una capital como Bogotá, tan distante y pobre.
«Llamar tunantes a los oficiales que propenden a la incorporación de Guayaquil a Colombia, es mostrar que desconoce la verdadera debilidad de su país, o los derechos contestables de Colombia o más bien es mostrar que cree que los esfuerzos de ese pueblo por recobrar su libertad se han hecho para vuestro engrandecimiento personal, y para proporcionar un teatro a su ambición. (…) Ese gobierno sabe que en América no hay un poder humano que pueda hacer perder a Colombia un palmo de la integridad de su territorio».
«Siempre que el gobierno de Guayaquil, de acuerdo con la mayoría de los habitantes de la provincia, solicite la protección de las armas del Perú, por ser su voluntad conservar su independencia de Colombia, emplee en tal caso todas las fuerzas que están puestas a sus órdenes en apoyo de la espontánea deliberación del pueblo».
«Es con suma satisfacción, dignísimo amigo y señor, que doy a Ud. por la primera vez el título que mucho tiempo ha mi corazón le ha consagrado (…) Tan sensible me será elo que Ud. no venga hasta esta ciudad como si fuéramos vencidos en muchas batallas; pero no, Ud. no dejará burlada la ansia que tengo de estrechar en el suelo de Colombia al primer amigo de mi corazón y de mi patria.»
«Los resultados de nuestra entrevista no han sido los que me prometía para la pronta terminación de la guerra; desgraciadamente yo estoy firmemente convencido, o que Ud. no ha creído sincero mi ofrecimiento de servir bajo sus órdenes con las fuerzas de mi mando, o que mi persona le es embarazosa. (…) En fin, general, mi partido está irrevocablemente tomado: para el 20 del mes entrante he convocado al Primer Congreso del Perú y al día siguiente de su instalación me embarcaré para Chile, convencido de que sólo mi presencia es el sólo obstáculo que le impide a Ud. venir al Perú con el ejército de su mando: para mí hubiera sido el colmo de la felicidad terminar la guerra de la independencia bajo las órdenes de un General a quien la América del Sud debe su libertad: el destino lo dispone de otro modo y es preciso conformarse. (…) Nada diré a Ud. sobre la reunión de Guayaquil a la República de Colombia; permítame Ud. General, le diga que creo que no era a nosotros a quienes pertenecía decidir este importante asunto: concluida la guerra los gobiernos respectivos lo hubieran tranzado, sin los inconvenientes que en el día pueden resultar a los intereses de los nuevos Estados de Sudamérica. He hablado a Ud. con franqueza, General, pero los sentimientos que exprime esta carta quedarán sepultados en el más profundo silencio; si se trasluciere, los enemigos de nuestra libertad podrían prevalerse para perjudicarla, y los intrigantes y ambiciosos, para soplar la discordia. «